Dem Rechnungshof obliegt die überörtliche Prüfung der Haushalts- und Wirtschaftsführung der Gemeinden und Gemeindeverbände. Die Prüfung richtet sich im Wesentlichen nach den Vorschriften über die Prüfung der Landesverwaltung.

Prüfungsobjekte sind die kommunalen Gebietskörperschaften und sonstigen kommunalen Körperschaften und Einrichtungen (z.B. Zweckverbände, Anstalten und Eigenbetriebe) sowie die Unternehmen in Privatrechtsform mit kommunaler Mehrheitsbeteiligung.

Neben den regelmäßig bei den einzelnen Kommunen vorzunehmenden Turnusprüfungen führt der Rechnungshof auch Querschnittsprüfungen durch. Hierbei werden bestimmte Aufgabenbereiche gleichzeitig bei mehreren Prüfungsobjekten untersucht, um etwa Erkenntnisse zum angemessenen Personalbedarf, zur optimalen Organisation oder zu typischen Fehlerquellen zu gewinnen.

Die Zuständigkeit für die überörtliche Prüfung ist zweigeteilt:

Der Rechnungshof prüft

• die 12 kreisfreien Städte,
• die 24 Landkreise,
• die 8 großen kreisangehörigen Städte,
• 12 verbandsfreie Gemeinden,
• 20 größere Verbandsgemeinden (einschließlich der jeweiligen Sitz- oder größten Ortsgemeinde),
• Zweckverbände von herausgehobener Bedeutung,
• Unternehmen mit Mehrheitsbeteiligung der vom Rechnungshof zu prüfenden Kommunen sowie
• von diesen Kommunen geführte Anstalten des öffentlichen Rechts und rechtlich unselbständige Einrichtungen.

Im Übrigen hat der Rechnungshof die überörtliche Prüfung an die bei allen Landkreisen gebildeten Gemeindeprüfungsämter delegiert. Diese unterstehen seiner Fachaufsicht und sind auch mit der Durchführung der mindestens alle zwei Jahre vorzunehmenden überörtlichen Kassenprüfung beauftragt.

Der Rechnungshof berichtet im jährlichen Kommunalbericht über die Haushaltslage der Gemeinden und Gemeindeverbände und (seit 2009 alle zwei Jahre) über Erkenntnisse und Erfahrungen, die er aus Turnus- oder Querschnittsprüfungen gewonnen hat.

Die Berichte dienen der beratenden Unterrichtung von Landtag und Landesregierung, der Unterstützung der Kommunalverwaltungen bei der Erledigung ihrer Aufgaben sowie den kommunalen Organen bei der Wahrnehmung ihrer Steuerungs- und Überwachungsfunktionen. Sie sollen dazu beitragen, dass auch bei den nicht in die Prüfung einbezogenen Kommunen wirtschaftliches Handeln gefördert wird. Daneben werden Ergebnisse aus Querschnittsprüfungen in geeigneten Fällen den Mitgliedern der kommunalen Familie auch in Form von Gutachten zur Verfügung gestellt.